שלשום, במסגרת מתקפת הטילים האיראנית, פגע טיל פגיעה ישירה בבית כנסת באזור לכיש. המבנה נהרס כליל, רכבים מסביבו עלו באש והוא הוציא עשן כבד — אך ספר התורה שבפנים שרד את התופת.
זוהי אינה הפעם הראשונה שבית כנסת בישראל נפגע מירי טילים. במהלך מלחמת חרבות ברזל נפגע בית כנסת נוסף במרכז הכרמל, אך במיוחד זכורה הפגיעה החוזרת ונשנית בבית הכנסת "יד מיכאל" באשקלון, הקרוי על שמו של מיכאל שרביט ז"ל, שנהרג במלחמת יום הכיפורים.
ב-26 במאי 2021, שעות ספורות לפני תפילת ערב חג שבועות, שיגר חמאס רקטות לעבר יישובי הדרום. אחת מהן פגעה ישירות בין גג לקיר של בית הכנסת באשקלון. הרקטה חדרה דרך הקיר, אך לא פגעה בארון הקודש ובריהוט. למרות הנזק, התפילה התקיימה כסדרה, ומהנדס שהגיע למקום לאחר החג אסר על כניסת מתפללים עד לתיקון הנזק.
ב-8 באוקטובר 2023, בליל מוצאי שבת, ספג בית הכנסת "יד מיכאל" פגיעה נוספת. טיל חדר מהתקרה וגרם לנזק כבד. בעקבות הפגיעה נבדק המבנה על ידי מהנדס מטעם מס רכוש, ובינואר 2024 החל שיפוץ מקיף שנמשך עד לאחרונה.
לשיקום המבנה נרתמה חברת תעשיות רהיטים לביא, שהייתה אחראית גם על ריהוטו המקורי. צוותי ההנדסה והמעצבים של החברה בנו מחדש את הבימה, ספסלי הישיבה והספריות. בספסלים החדשים הותקן מדף רב-מצבי לשיפור נוחות הקריאה בישיבה ובעמידה, עם אפשרות למצב אופקי להנחת תפילין.
ערן שמיר, מנכ"ל תעשיות רהיטים לביא, סיפר: "למרות שחווינו בבית הכנסת פגיעות משמעותיות, ארון הקודש וספרי התורה לא נפגעו. עבורנו, מלאכת השחזור והדיוק בפריטי העיצוב נסכה תקווה וציפייה לימים טובים יותר".