שלושה מחסנים ענקיים ניצבים בנמל יפו. הם נבנו בשנות ה-30 על ידי הבריטים, ומוגדרים מבנים לשימור. את מחסן 1 שיפצה העירייה באמצעות הרשות לפיתוח כלכלי עם אדריכל השימור רמי גיל, כך שהקונסטרוקציה, הפתחים, הרפפות והמעברים הציבוריים שוחזרו ואופי המחסן נשמר.
נשארו מחסנים 2 ו-3. הוחלט על ידי עיריית תל אביב-יפו, הרשות לפיתוח כלכלי ונמל יפו כי על שיפוצם יהיה אחראי המשרד קיסלוב קיי אדריכלים, משרד אדריכלים משפחתי יפואי, זוכה פרס רכטר לאדריכלות ישראלית ומי שהיה אחראי בין השאר על מרקם שוק הפשפשים ביפו, קמפוס החינוך ברמת אפעל, בניין העירייה וכיכר העיר אילת, מרכז שרובר לתרבות ירושלים ועוד.
ההצעה שזכתה במכרז לשימור שני המחסנים מבקשת לשקף את רוח הנמל, לשמור על אותנטיות, ולשמר את מערך השוטטות העירוני-יפואי והקשר לתושבים ומתכננת לחזק את הנמל בהיבט תיירותי, תרבותי והפנאי. ההצעה, שהתקבלה בשיתוף בעלי העניין בנמל - הדייגים, בעלי העסקים המקומיים, התושבים, קבוצות וארגונים ציבוריים הפעילים ביפו וכו' - ובהתאם למדיניות העירונית, ביקשה להתחשב בקשר בין פנים הנמל לחוץ, שיטוט במסלולים ובמפלסים השונים ופעילויות שונות כמו אירועים מיוחדים ופסטיבלים. התכנון המוצע מאפשר שינויים בגדלים, מיקומים ושימושים בתוך מחסני הנמל בצורה מהירה, זולה ויעילה ועל פי צורכי השוכרים, עונות השנה ועוד.
מחסן 2 משמש כיום כבית לתרבות, אמנות ומחול, וכן מתחם אחסון עבור הדייגים העובדים בנמל. על פי ההצעה, המחסן יעבור רענון, ויכיל חללי פעילות שונים גם במפלס העליון, והדייגים יזכו לשטחי מחסנים משופצים.
מחסן 3 שנמצא בחלקו הדרומי של הנמל, ועד כה לא היה בשימוש הציבור, יזכה לשיפוץ מקיף, וישמש כמתחם קונטיינרים בהתאם לצרכים שונים: מסחר, תרבות, לילה, פנאי וכו'. השיפוץ ישמר את צורת המבנה המקורית, כשחזית המבנה תהיה שקופה ובעלת הצללה חיצונית נפתחת, מה שיאפשר הצצה תמידית פנימה והחוצה, וזליגה של המרחב החיצוני והמשוטטים בו אל תוך פנים המתחם הצבעוני. פנים המחסן ייבנה כשדרת מכולות צבעוניות תלת ממדית ופתוחה לציבור בחלל ההאנגר הגבוה.